案件處理分為立案偵查、審查起訴、審判三個階段。偵查階段發現證據不足，應當撤銷案件。審查起訴階段發現證據不足，人民檢察院可以做出不起訴決定，也可以將案件發回要求補充偵查。審判過程中發現證據不足，人民法院發現證據不足不符合起訴條件，可以撤回起訴，對于認定需要補充偵查的，應退回公安機關要求補充偵查。 《刑事訴訟法》第一百六十一條，在偵查過程中，發現不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，應當撤銷案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，應當立即釋放，發給釋放證明，并且通知原批準逮捕的人民檢察院。《刑事訴訟法》第一百七十一條，對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。《刑事訴訟法》第一百七十三條，犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有本法第十五條規定的情形之一的，人民檢察院應當作出不起訴決定。《刑事訴訟法》第一百七十四條，不起訴的決定，應當公開宣布，并且將不起訴決定書送達被不起訴人和他的所在單位。如果被不起訴人在押，應當立即釋放。