貨運合同糾紛很多發生在貨物運輸完畢以后，如何處理無效貨運合同糾紛，關系到當事人雙方的權利義務，必須慎重對待，合理地平衡雙方的利益分配。

在運輸合同履行完畢前，如果承運人取得了行政許可，本著促成交易的原則，應當認可貨運合同的效力。

對于確定無效的合同遺留問題如何處理，合同法第五十八條確立了基本的處理規則："合同無效或者被撤銷后，因該合同取得的財產，應當予以返還;不能返還或者沒有必要返還的，應當折價補償。有過錯的一方應當賠償對方因此所受到的損失，雙方都有過錯的，應當各自承擔相應的責任。"在貨物運輸合同中，承運人已經進行的運輸活動是無法返還的，因此，應當由對方當事人折價補償。具體補償標準可以參照運輸合同約定的價款確定。在承運人未能完成合同約定義務的情況下，應當由承運人向對方承擔損害賠償責任。

綜上，在承運人沒有從事貨運業務的資格時，具體處理是：

1.承運人在完成運輸任務前取得相應資格的，對方當事人請求按照無效合同處理的，應當不予支持;

2.承運人按照約定完成了運輸任務的，承運人有權請求參照合同約定支付運輸費用;

3.承運人未能按照約定完成任務的，承運人應當向對方承擔損害賠償責任。