1.按所運貨物不同，可分為普通貨物運輸合同，危險貨物運輸合同與鮮活貨物運輸合同;

2.按運輸過程中運輸部門是否有協作關系可分為一般貨物運輸合同與聯運貨物運輸合同;

3.按運輸方式的不同可以分為：鐵路貨物運輸合同，公路貨物運輸合同，水路貨物運輸合同，航空貨物運輸合同與管道貨物運輸合同。這是最常見的劃分貨物運輸合同的標準，下面簡單介紹鐵路運輸合同與水路貨物運輸合同：

(1)鐵路貨物運輸合同，是指鐵路貨物運輸的托運入與經營鐵路運輸國營企業簽訂明確雙方權利義務關系的貨物運輸的協議。承遠方由從事鐵路運輸的國營企業擔任。

(2)水路貨物運輸合同是指在水路貨運中，承運人與托運人為確定雙方權利義務關系的協議。水路貨物運輸合同的主要內容是承運人應使用自己的船舶，通過國家確定的航線把托運入的貨物運到一定地點，交付給收貨人，而托運人應支付承運人規定的運費。

以上各類貨物運輸合同雖各具特色，但合同的訂立、履行、合同的變更與解除、雙方當事人主要的權利、義務與責任，以及為社會主義社會的生產和為市場經濟服務的目的等內容，卻是相同的。

目前，我國調整貨物運輸合同關系的法律，除經濟合同法外，還有《鐵路貨物運輸合同實施細則》、《公路貨物運輸合同實施細則》、《水路貨物運輸合同實施細則》、《航空貨物運輸合同實施細則》以及鐵路、汽車和水路的貨物運輸等法規、規章。它們規定了貨物運輸合同的基本原則，當事人的權利、義務及違約責任，可以有效地保護當事人的合法權益。